Formation Fiji : Traitement d'images pour la biotechnologie et la toxicologie

Introduction à Fiji et à ImageJ

• Aperçu de Fiji et de ses applications dans la recherche scientifique
• Comprendre l'architecture et les plugins d'ImageJ
• Installation et configuration de Fiji pour des performances optimales

Techniques de base de traitement d'images

• Acquisition d'images et formats d'importation
• Ajustement du contraste, de la luminosité et application de filtres
• Empilement d'images et méthodes de projection

Analyse d'images avancée

• Techniques de segmentation : seuillage et détection de contours
• Comptage d'objets et analyse de particules dans les échantillons histologiques
• Mesure des surfaces, des périmètres et d'autres caractéristiques morphologiques

Travail avec des échantillons biologiques

• Traitement d'images de tissus histologiques, de globules sanguins et d'algues
• Déconvolution des couleurs et analyse de tissus colorés
• Analyse en séquences temporelles (time-lapse) et suivi du mouvement cellulaire

Automatisation et personnalisation

• Création et exécution de macros pour les tâches répétitives
• Utilisation des plugins de Fiji pour des analyses spécialisées
• Scripting de base avec le langage de macros d'ImageJ (IJM)

Gestion des données et rapports

• Exportation des résultats et génération de rapports
• Annoter les images et préparer les données pour la publication
• Meilleures pratiques pour une analyse d'images reproductible