Formation Séquençage et test génétiques

Ce stage pratique présente les bases de la bioinformatique. Il s'adresse aux personnes ayant des connaissances de base en biologie et en biologie moléculaire, qui souhaitent apprendre à traiter et exploiter des données biologiques à l'aide d'outils informatiques. Il a été conçu spécialement pour :

• Des chercheurs travaillant dans des laboratoires expérimentaux sur les macromolécules biologiques que sont les protéines, l'ARN et l'ADN
• Des scientifiques dont le domaine d'expertise principal n'est pas la biologie, mais qui doivent tout de même gérer des données biologiques
• Des gestionnaires qui lancent de nouveaux produits (par exemple, des médicaments) et qui souhaitent élargir leurs connaissances sur la bioinformatique contemporaine
• Des programmeurs informatiques qui s'apprêtent à rédiger des programmes dealing with biological molecules

Le cours est divisé en composantes théoriques et pratiques. Les conférences sont entrelacées avec des exercices pratiques simples, des questionnaires et des vérifications de concepts pour assurer la compréhension. Pendant la formation, les participants suivront une visite guidée couvrant tous les aspects fondamentaux de l'analyse des données biologiques. Ce stage sert de point d'entrée idéal dans la bioinformatique, équipant les apprenants à résoudre des problèmes de base de bioinformatique : identifier des sources de données fiables, extraire des informations pertinentes, comprendre les algorithmes clés et utiliser avec confiance les outils de bioinformatique.

À la fin du cours, les participants seront capables de travailler avec des données biologiques en utilisant des outils de bioinformatique.

Les Bonnes Pratiques Cliniques (BPC) constituent un ensemble de directives régissant la recherche clinique menée sur des sujets humains. Les BPC servent de norme internationale pour la conception, la conduite, la surveillance, la documentation, l'analyse et la publication des essais cliniques.

Lors de cette formation en présentiel animée par un instructeur, les participants apprendront les directives les plus importantes et les principes fondamentaux appliqués dans le cadre des Bonnes Pratiques Cliniques (BPC) pour les essais et recherches impliquant des sujets humains. Ce cours offre un aperçu des différents domaines couverts par les BPC, en accordant une attention particulière aux BPC centrées sur le guideline ICH relatif aux médicaments et produits biologiques expérimentaux.

À l'issue de cette formation, les participants seront en mesure de :

• Comprendre les principes fondamentaux des BPC applicables aux médicaments et produits biologiques expérimentaux, tels que définis par la Conférence internationale d'harmonisation (ICH)
• Appliquer les directives stipulées par les BPC à leurs recherches et essais cliniques

Public cible

• Investigateurs cliniques
• Professionnels de la recherche clinique
• Professionnels de la santé et du domaine médical
• Personnel de soutien aux essais cliniques
• Personnel de recherche et développement

Format du cours

• Exposés théoriques, discussions, exercices et pratique intensive en situation réelle

La génomique microbienne et la métagénomique combinent les technologies de séquençage et l'analyse computationnelle pour profiler les communautés microbiennes, caractériser les génomes et détecter des traits fonctionnels tels que la résistance aux antimicrobiens.

Cette formation en direct animée par un instructeur (en ligne ou sur site) s'adresse aux chercheurs et bioinformaticiens de niveau débutant à intermédiaire qui souhaitent effectuer une analyse pratique des données de séquençage en génomique microbienne et en métagénomique.

À la fin de cette formation, les participants seront en mesure de :

• Décrire les flux de travail courants de séquençage et les formats de fichiers clés utilisés en génomique microbienne.
• Réaliser le contrôle qualité et le prétraitement des lectures brutes NGS.
• Effectuer un profilage taxonomique à l'aide d'approches basées sur des marqueurs et de k-mers.
• Assembler et annoter les génomes microbiens et les plasmides.
• Détecter les SNP, construire des phylogénies et interpréter la structure des populations.
• Prédire les gènes de résistance aux antimicrobiens et résumer les profils fonctionnels.
• Utiliser des flux de travail reproductibles avec Conda, Docker et des rapports sous forme de notebooks.

Format du cours

• Conférences présentant les concepts et les outils (20 %).
• Sessions pratiques guidées à l'aide d'ensembles de données d'exemple (60 %).
• Discussions ouvertes et analyse dirigée afin que les participants puissent appliquer les méthodes à leurs propres données (20 %).

Options de personnalisation du cours

• Pour demander un atelier personnalisé axé sur la métagénomique clinique, environnementale ou industrielle, veuillez nous contacter pour en discuter.

Cette formation en présentiel ou en ligne, animée par un instructeur, s'adresse aux scientifiques et à toute personne intéressée par l'apprentissage des bases de la nanoscience et de ses applications.

À la fin de cette formation, les participants seront capables de :

• Comprendre le domaine des nanosciences et des nanotechnologies.
• Distinguer ceux qui se trouvent dans la gamme nano de ceux dans la gamme micro.
• Connaître la théorie fondamentale du transfert d'électrons et d'énergie.

Ce cours pratique montre pourquoi la programmation est un outil puissant dans le contexte de la résolution de problèmes biologiques. Au cours de ce cours, les participants apprendront le langage de programmation Python, un langage largement considéré comme puissant et facile à utiliser. Ce cours peut être vu comme une démonstration de la manière dont la bioinformatique améliore la vie des biologistes.

Le cours est conçu et destiné aux personnes sans formation en informatique qui souhaitent apprendre à programmer.

Ce cours convient à :

• Les chercheurs qui traitent des données biologiques.
• Les scientifiques qui souhaitent apprendre à automatiser les tâches quotidiennes et à analyser des données.
• Les gestionnaires qui veulent apprendre comment la programmation améliore les flux de travail et la conduite de projets.

À la fin du cours, les participants seront capables d'écrire de courts programmes qui leur permettront de manipuler, d'analyser et de gérer des données biologiques, ainsi que de présenter les résultats sous forme graphique.

Ce cours vise à donner aux chercheurs une compréhension des principes de la conception statistique et de l'analyse, ainsi que de leur pertinence pour la recherche dans divers domaines scientifiques.

Il couvre certaines méthodes de probabilité et de statistique, principalement à travers des exemples. Cette formation comprend environ 30 % de cours magistraux et 70 % de quiz et de travaux pratiques guidés.

Dans le cas d'un cours privé, nous pouvons adapter les exemples et le matériel à une branche spécifique (comme les tests psychologiques, le secteur public, la biologie, la génétique, etc.).

Pour les cours publics, des exemples mixtes sont utilisés.

Bien que divers logiciels soient utilisés au cours de ce cours (d'Excel à SPSS, Statgraphics, etc.), l'accent principal est mis sur la compréhension des principes et des processus qui guident la recherche, le raisonnement et les conclusions.

Ce cours peut être offert en format hybride, c'est-à-dire avec des devoirs et des assignments.