Formation Introduction à la génomique microbienne et à la métagénomique

Introduction à la génomique microbienne et à la métagénomique

• Vue d'ensemble de la génomique microbienne et de la métagénomique
• Technologies de séquençage et designs d'études typiques
• Formats de fichiers clés et organisation des données

Contrôle qualité et prétraitement

• Évaluation de la qualité des lectures et découpage
• Suppression de l'hôte et dépistage des contaminations
• Normalisation des lectures et considérations pour les étapes suivantes

Approches de profilage taxonomique

• Profilage basé sur des marqueurs avec MetaPhlAn
• Méthodes basées sur les k-mers et la classification avec Kraken2 et Bracken
• Comparaison des sorties de profilage et visualisation

Assemblage métagénomique et binning (vue d'ensemble)

• Stratégies d'assemblage et utilisation de SPAdes
• Concepts de binning des contigs et outils courants (bref aperçu)
• Évaluation de la qualité et de l'exhaustivité de l'assemblage

Annotation des génomes et MLST

• Annotation des génomes avec Prokka
• Réalisation de l'MLST et interprétation des types séquentiels
• Génération de rapports pour partager les résultats

Détection des SNP et phylogénétique

• Workflows de détection des SNP basés sur le mapping avec Snippy
• Construction d'arbres phylogénétiques avec IQ-TREE
• Visualisation et interprétation des arbres avec iTOL

Résistance aux antimicrobiens et profilage fonctionnel

• Détection des gènes de résistance aux antimicrobiens avec AMRFinderPlus, CARD et ResFinder
• Profilage fonctionnel et résumés des voies métaboliques
• Rapportage de la résistance et des annotations fonctionnelles

Workflows reproductibles et bonnes pratiques

• Utilisation de Conda, Docker et modèles de pipeline pour la reproductibilité
• Gestion des données, normes de métadonnées et principes FAIR
• Mise à l'échelle des analyses avec les ressources cloud et les notebooks

Études de cas et laboratoires pratiques

• Analyse d'amplis 16S/18S depuis les lectures brutes jusqu'à la table taxonomique
• Profilage métagénomique et analyse comparative entre les échantillons
• Assemblage de génomes, annotation, phylogénie des SNP et rapportage de résistance

Résumé et étapes suivantes