Formation Introduction à la génomique microbienne et à la métagénomique

Introduction à la génomique microbienne

• Aperçu de la génomique microbienne et de la métagénomique.
• Technologies de séquençage et études de conception typiques.
• Formats de fichiers clés et organisation des données.

Contrôle qualité et prétraitement

• Évaluation de la qualité des lectures et recadrage.
• Suppression de l'hôte et criblage de la contamination.
• Normalisation des lectures et considérations en aval.

Approches de profilage taxonomique

• Profilage basé sur des marqueurs avec MetaPhlAn.
• Méthodes basées sur les k-mers et la classification avec Kraken2 et Bracken.
• Comparaison des sorties de profilage et visualisation.

Assemblage et binning des métagénomes (aperçu)

• Stratégies d'assemblage et utilisation de SPAdes.
• Concepts de binning des contigs et outils courants (bref).
• Évaluation de la qualité et de l'exhaustivité de l'assemblage.

Annotation des génomes et MLST

• Annotation des génomes avec Prokka.
• Réalisation de l'analyse MLST et interprétation des types de séquence.
• Génération de rapports pour partager les résultats.

Appel des SNP et phylogénie

• Flux de travail d'appel des SNP basés sur l'alignement avec Snippy.
• Construction d'arbres phylogénétiques avec IQ-TREE.
• Visualisation et interprétation des arbres avec iTOL.

Résistance aux antimicrobiens et profilage fonctionnel

• Détection des gènes de RAM avec AMRFinderPlus, CARD et ResFinder.
• Profilage fonctionnel et résumés de voies métaboliques.
• Rapport des annotations de résistance et fonctionnelles.

Flux de travail reproductibles et meilleures pratiques

• Utilisation de Conda, de Docker et de modèles de pipelines pour assurer la reproductibilité.
• Gestion des données, normes de métadonnées et principes FAIR.
• Mise à l'échelle des analyses avec des ressources cloud et des notebooks.

Études de cas et travaux pratiques

• Analyse des amplicons 16S/18S, des lectures brutes au tableau taxonomique.
• Profilage métagénomique et analyse comparative entre les échantillons.
• Assemblage de génomes, annotation, phylogénie SNP et rapport sur la RAM.

Résumé et prochaines étapes